Fakultas Farmasi Universitas Wahid Hasyim didirikan pada era reformasi yaitu tanggal 8 Agustus 2000 berdasarkan Keputusan Mendiknas melalui Dirjen Dikti yang mengeluarkan ijin pendirian dengan No. 124/D/O/ 2000 tentang Pendirian Universitas Wahid Hasyim di Semarang dan Pemberian Status Terdaftar kepada 10 (sepuluh) Program Studi untuk jenjang pendidikan Program S-1 dan D-3 di lingkungan Universitas Wahid Hasyim di Semarang. Mulai tahun akademik 2000-2001, Fakultas Farmasi Universitas Wahid Hasyim secara resmi melakukan kegiatan operasionalnya sebagai sebuah lembaga pendidikan tinggi baru, dengan Program Studi Sarjana Farmasi (PSSF).
Sejak tahun 2009 Program Studi Sarjana Farmasi terakreditasi B berdasarkan keputusan BAN PT No. 028/BAN-PT/Ak-XII/S1/IX/2009. Akreditasi selanjutnya, pada tahun 2014, PSSF berhasil mempertahankan peringkat akreditasi pada peringkat B berdasarkan keputusan BAN PT No. 004/SK/BAN-PT/Akred/S/I/2015. Keputusan LAM-PTKes No. 0743/LAM-PTKes/Akr/Sar/XII/2019 merupakan bukti peringkat akreditasi B untuk PSSF.
Mulai semester genap tahun akademik 2011-2012 Fakultas Farmasi Universitas Wahid Hasyim menyelenggarakan Program Studi Profesi Apoteker (PSPA) berdasarkan keputusan Mendikbud melalui Dirjen Dikti No. 14/E/O/2012 tertanggal 4 Januari 2012 tentang Penyelenggaraan Program Studi Profesi Apoteker pada Universitas Wahid Hasyim Semarang. Pada tanggal 6 Juni 2014 PSPA Universitas Wahid Hasyim mendapatkan peringkat akreditasi C dari BAN-PT berdasarkan SK No. 171/SK/BAN-PT/Akred/PSPA/VI/2014. Peningkatan peringkat akreditasi PSPA diperoleh pada tahun 2019 dengan akreditasi B (Baik/Good) berdasarkan keputusan LAM-PTKes No. 0199/LAM-PTKes/Akr/Pro/IV/2019.
Semenjak didirikan hingga akhir tahun 2022, Fakultas Farmasi melaksanakan kegiatan di kampus yang berada di Jl. Menoreh Tengah X no. 22, Kelurahan Sampangan, Kecamatan Gajahmungkur, Kota Semarang. Bertambahnya jumlah mahasiswa diikuti dengan penambahan sarana dan prasarana untuk mendukung kegiatan akademik, maka mulai bulan Januari tahun 2023, Fakultas Farmasi menempati lokasi baru di Jl. Raya Gunungpati No.KM.15, Nongkosawit, Gunungpati, Semarang, dengan luas bangunan 11.383 m2.